第三季故事起头于第二自力团抵达查尔斯顿七个月后。在此时代，查尔斯顿被指定为「新美利坚合众国」的首都，Tom Mason被推举为政治领袖（相当于总统）。但他大大都时候不是待在办公室里处置政务，还是率领戎行顽强反抗外星入侵者的一次次进攻。与前任Manchester博士比起来，Tom在看待外星人的立场上更具侵犯性也更自动。查尔斯顿当局与起义的「突击者」形成了不太坚固的联盟关系，Tom让「突击者」起义兵留在查尔斯顿与人类并肩作战，但这激发了一些人类的不满，两个种族的关系延续紧张。「突击者」起义兵在战役前老是将脸上涂满红黄相间的条纹，以纪念在第二季结尾英勇牺牲的领袖「红眼」。Tom的儿子Ben现在是查尔斯顿当局与「突击者」起义兵之间的联络人。不管人类还是「突击者」都大白，他们即便联手也很难打败壮大的仇敌——此前被第二自力团戏称为「鱼头」的外星种族Espheni...
