柯南和小五郎等拉着大队，来到位于承平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大要有关沉没于海底的现代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，不测遇到一大群正在寻觅宝物的猎人，不意此中一人忽然遭鲨鱼进犯，不幸身亡！小兰和园子荣幸逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一路睁开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后缘由，“海底宫殿”的谜题一向系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却忽然现身，并偷走了原来发明的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌当中，人命危在夙夜迟早！隐藏于传说中的讯息是甚么？“海底宫殿”有甚么奥秘？穿越300年韶光的记号，柯南誓要逐步解开迷题
