小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩突如其来并被迫与小智锁在了一路。波尔凯尼恩与被人类危险过的宝可梦们配合生活，是以非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们没法分隔，奇奥的故事就此起头。小智与皮卡丘又将一路起头新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯获得了常年追求的终极发现——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。听说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知气力，贪婪又邪恶的贾维斯诡计行使这股气力来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会若何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎么的渊源？他们要若何配合匹敌贾维斯抢救阿佐特王国？玛机雅娜的终极命运又将若何结局？一场精灵宝可梦史上最巨大的战争行将睁开！
