被人类用基因手艺克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的迷惑和对人类壮大的愤慨逃离了科研所，它公布要对制作出自己的人类进行复仇。曾经获得了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练巨匠为方针而不竭的观光，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和伙伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们加入世上最强的小精灵训练家的宴会。地址是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的邀请。他们很愉快的答应了，小智一行人穿过了暴风骤雨的海岸终于达到了新岛。一名叫乔伊的大夫率领他们来到了宠物小精灵城，先容最强的宠物小精灵训练家进场。没想到出如今朋友们面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是甚么呢，一场大战行将起头......
