应当是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵犯地球的KERORO小队，在戏院版中却将地球从恐怖的危急中抢救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的仇敌！！ 故事报告冬树与KERORO小队一路去印加帝国的马丘比丘萍踪参观，喜好神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑壳里面装满了要侵犯地球的工作。他们在那里由于迷路而发明了遗迹，后来由于突发状态而不能不从那里逃出。但在那时，冬树一刹时看见了一名鹄立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。但是这时，最强的仇敌出如今了他们面前。样子和KERORO如出一辙，但与KERORO差别天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要敏捷且透彻地筹谋侵犯地球的黑暗KERORO。他率领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一路活着界列国起头了侵犯动作。而迎击这一切的KERORO小...
