卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑行将履行之前苏醒过来，发明他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来加入一个能让人类脱节暴力冲动的计划。虚拟现实机械Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机械上以后，卡勒姆·林奇意想到他是生活在西班牙宗教法庭时期一名刺客阿圭拉的后裔，他们寻觅的是能够掌握自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不情愿地操作着卡勒姆·林奇回到过去寻觅伊甸园苹果在当代世界的着落，威逼着他身体和心理的健康。但在杀手同业穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆·林奇，提示他艾伦有可能念头不纯以后，卡勒姆·林奇起头重新考虑他的行为和念头，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……
