故事产生在二十一世纪初叶，全球气候延续变暖，融化的冰山沉没了大部分陆地，与此同时，名为“雾之舰队”的战舰群突如其来占领了海域，人类的生计空间逐渐遭到蚕食。千早群像（兴津和幸 配音）是一位士官候补生，某日，一艘名为“伊401”的潜水艇出如今了她的面前。就这样，群像成为了潜水艇的驾驶员。 皮肤黝黑大大咧咧的橿原杏平（宫下荣治 配音）、温婉可儿神机妙算的八月一日静香（东山奈央 配音）、带着面具非常神秘的织部僧（松本忍 配音），活跃心爱身手灵敏的四月一日伊织（津田美波 配音），一群怀抱着抢救人类之重大抱负的战友们群集到了潜水艇当中，为了夺回本该属于人类的领地和仇敌睁开了剧烈的战役。
