曾多少时，神秘生物奇居子入侵太阳系，致使人类流离失所，只能乘坐行星般巨细的巨型飞船希德尼娅飘流在茫茫宇宙中。如是过了冗长的一千年，而今希德尼娅的居民们已有一百年不曾遭遇奇居子，但是他们从未放松警惕，培育了一代又一代操作人形火器“卫人”的驾驶员。某天，栖身在地下的青年谷风长道（逢坂良太 配音）迫于饥饿爬到空中，偷米后被人捉住，后在舰长（大原沙耶香 配音）的授意下成为卫人驾驶员第628期的训练生，在这里他见到了有过一面之缘的仁慈女孩星白闲（洲崎绫 配音）、友爱的第三性人科户濑伊扎那（丰崎爱生 配音）以及高傲刚愎的岐神海苔夫（樱井孝宏 配音）等人。不多，少年们外出履行采集使命，甚至却遭逢百年不见的奇居子。寂静已久的宇宙战争再度拉开帷幕…… 本片按照贰瓶勉的漫画原作改编。
