某年的圣诞夜，多量民众群集到某栋大厦门外，抗议国度与库赞共和国的纯清水合作计划。与此同时，交通收集以及相关电子体系遭到入侵而周全失灵，随后更有保持治安的警察掏枪射击抗议民众。值此危机时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）带领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速睁开动作，与可骇份子和黑客睁开连番恶斗。这支个性满满且身怀特技的灵活部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军秘要部队501机关中佐的真室在陌头被人杀戮，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在坟场与生化人草薙素子首次邂逅。后者接管荒卷的委托追查实情，在这一过程当中和巴特等人邂逅。这恰是一段传奇部队“攻壳灵活队”成立前夜的故事…… 本片按照士郎正宗的原作改编。
