时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，曾经过了3年——。 在“宇宙恢复体系”之下取回先前蓝色样貌的地球， 与卡米拉斯帝国缔结了和平公约。 在中兴的同时，为了防卫而进行的包括最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备事情也在推动中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的欲望也子虚乌有，地球起头迈向裁军之道。 这真的是在无可替换的大都牺牲以后，大和所达成的真实的和平吗？ 期盼宇宙安稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 现在，囊括宇宙的加特兰蒂斯的威逼，正在逼近地球——。
