上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意想到自己的能力和任务，中弹新生后，酿成了无所事事的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安
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<p>，遭到人们的强烈热闹欢迎。 此时，“母体”决议先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼进犯锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻觅“制钥者”，预备从内部破坏；而本该被尼奥祛除的特勤史姑娘似乎出了点问题，脱离了“母体”的掌握，拥有恐怖的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。<br/></p>
