在太逐一行人离别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有承平几多时日，就又起头了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已前后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码瑰宝们一路并肩作战，只要阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战役的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码瑰宝介入。因而，在第一代数码人的率领下，新的数码瑰宝和守护者们起头了同邪恶权势的作战……
