突袭世界的大灾害“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的庞大生物与戎行交火。危机之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所管辖的NERV总部。但迎接真嗣的，倒是是父亲刻毒地敕令：驾驶称为“EVA”的庞大人型机械人与使徒战役。本已暗示谢绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决议遵从父亲的敕令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，预备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不竭袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超本人才能的应战。而碇元渡若无其事地窥察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在依照他的计划实现。
