继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，实时觉察错误后和史考莉通同好来骗当局高层，以潜入一个“作为一个通俗FBI出格捕快不应进入的处所”汇集需要的资料。本季成长越来越出色，一些没有被完整革新的混血外星人联合起来反抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但2017却出现了她的孩子——艾蜜莉。2017建造小组甚至找了两位着名科幻小说家操笔，客串写出两集脚本。别的2017也有一集笑剧。整出X档案为了配合影戏的上映，进入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越彰着，穆德再一次接近事实的实情。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于抽烟人销毁了所有X档檀卷宗。
