14年前，初号机疑似神化第一形状的觉醒带来近三冲击，使世界产生史无前例的剧变。在此以后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对制止真嗣登上初号机。感遭到方圆的敌意，糊涂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他不测重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）配合驾驶十三号机。长达14年的空缺，时代的沧桑剧变和感情纠葛让真嗣手足无措。而看似温柔的渚薰为他揭开了各种难以置信的实情…… 本片为EVA新戏院版四部曲的第三部。
