1949年，解放军和平解放新疆，新疆军区成立，甘祖昌担负后勤部副部长。那时，敌特撑持投契倒把份子新疆侵扰物价，大举把持黄金银圆，企图从经济上困死解放军，甘祖昌低价将银圆投入流通市场，冲击市侩气焰，稳定市场，稳定新疆政局。厥后，敌特份子为报复甘祖昌制作车祸，令他头部重伤。1955年甘祖昌被授予少将军衔，和他同村同时入伍的李保山则授校衔。李对甘很妒忌，违纪后被解职回籍。甘祖昌脑震荡后遗症严重，自觉不在适合办事戎行，加上回家后看抵故乡虽解放但生活仍贫困，自请辞职，退役还乡，回到老家江西莲花县沿背村。回籍后，他不辞辛劳，继续为故乡经济扶植做贡献。他解除万难，修整水旱田，建筑水库，建立公社农科所等，使农人生活大有改善。甘祖昌不恋高位而选择奉献，不图享用而甘于斗争的精神成为领导干部的表率，期间的前锋。
