故事产生在虚构的将下世界，彼时，人类由于忽视和大意而落空了制海权，陆地，成为了人们可望而不成即的地点，占据在那里的，是一股名为“深海栖舰”的壮大权势。为了同这股权势抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们出现了，在她们的体内，栖息着舰艇之魂，亦是明日呢化身成为林林总总的战舰，为了人类的和平做着不懈的尽力。 常日里，舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生存和训练，某日，一名名叫吹雪（上坂堇 配音）的活跃女孩出如今了朋友们的面前，初来乍到的她踌躇满志，热忱满满地进入了舰队的新生存中去，在这里，布满了出色和刺激的日常就此睁开。
