八国联军入京，朝廷出走，举国大势一度紊乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、门徒梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）会合。师徒于路同担忧海盗夺粮的南粤米仓产生误会，两帮人不打不成相与，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁大势紊乱，流动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷窃维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂摒弃赴港计划，与本地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人睁开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
