在亚美斯多利斯时代，爱德华?艾尔利克（朴璐美 饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵 饰）遭遇了还有两个月就能够刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之 饰），成果发明对方拥有不输于艾尔利克兄弟的壮大炼金术。按照梅尔文在牢狱留下的千丝万缕，兄弟二人前去西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的攻击，同时也遇到了梅尔文寻觅的少女茱莉亚?克莱顿（坂本真绫 饰）。一番紊乱以后，他们接踵来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品，而她的群众也决议行使圣星的行使重新中兴故国与民族…… 本片按照荒川弘的漫画原著改编。
