某日，一群利用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，情势危机。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，现在他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队，辅佐名医神农（石塚運昇 配音）前去其门徒雨琉的故乡治疗伤者。另一方面，不可救药的大蛇丸得知神农的再生之术业已实现，他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻觅神农。这也促成佐助和往日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部戏院版动画。
