在一列从东京开往大阪的特快列车上，坐着一名尊贵而特殊的客人。她是来自欧洲英格拉姆帝国女王莎莉贝丝，随行的还有其年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有一颗欧洲最大的宝石——水晶之母，这也引发了怪盗基德的注意。为了防止基德到手，女王身边安插多量保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预按时候越来越近，快斗却始终没有找到宝石真实的藏匿地址。与此同时，国际宝石悍贼杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们诡计在基德到手之际攻其不备。同在火车上的柯南从假装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即睁开……
