在第二次新吉恩战争、别号“夏亚的兵变”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这以后3年，宇宙世纪0096年。在产业殖民地“产业7号”长进行了一项奥秘交涉。内容为－－被认为是地球联邦当局黑暗操控的“比斯特财团”将把最高秘要“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆产业专门黉舍就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了阻止新的战争爆发，必需组织“拉普拉斯之箱”的买卖。巴纳吉在数次赞助奥黛丽以后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起买卖，并进行军事参与，产业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和伙伴一边避难一边寻觅着奥黛丽，而出如今他面前的是比斯特财团确当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将诞生的秘告密知了巴纳吉，而且将箱之钥匙－－“灵活兵士高达独角兽”拜托给他...
