也许曩昔，又也许将来，人类大规模向宇宙殖民。当生齿膨胀到五千亿的时辰，散落在宇宙各个角落的人类返回故地盘球，却激发了伤亡惨重的归乡战争。为了珍爱地球这片圣地，人类拟定了盖亚制裁，商定不许任何人染指这里。可是已经作为结合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却变节盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。结合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指使本人的弟弟亚马（三浦春马 配音）混入阿尔卡迪亚号，探访尼伯龙根人发现的永念头的奥秘。在此时代，哈洛克带领船员向地球挺近，而结合舰队则在太阳系布下网罗密布阻挡他的措施。遥远的故土，失踪已久的实情，令所有报酬之震惊…… 本片按照松本零士的经典科幻漫画改编。
