2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出斩新系列《神奇瑰宝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开辟区篇竣事后，小遥为了单独应战城都地域的富丽大赛和小智离别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则遭到了小茂的鼓励，单独带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前去神奥地域应战联盟。 新退场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖调和训练家，小光从故乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研讨所领取首先的神奇瑰宝。而统一时候，小智也抵达神奥地域，并在那里和小刚再度齐集。机缘偶合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴观光，睁开了新的路程。 《神奇瑰宝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，收集上能够找到前105集的国语配音。
