2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体革新的武装份子的入侵，浩繁本国使节及其同侪眷属沦为人质，局势十万急切。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并拟定了严密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，不测忽然产生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到暗码箱炸弹的暗算，素子之前的下属陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经由缜密追查，素子等人发明一种能够窜改记忆的病毒正在收集蔓延，而她的身世居然和连续串的事务有着亲近接洽。危急当前，阴谋悄然复出水面…… 本片按照士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳灵活队》诞生25周年数念作品。
