这是一段攻壳灵活队成立前夜不为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军秘要部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市陌头被人杀戮，此前他曾陷入军械生意的行贿丑闻不得脱身，他对死亡背后天然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的坟场首次相遇。此时草薙还只是501机关负责收集犯法追查的甲士，此行她进展找到倍为尊敬的中佐蒙冤以及遇害背后的实情。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪迹。在此以后，她遭到荒卷委托睁开查询拜访，并在连续串阴险追查的过程当中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方…… 本片按照士郎正宗的原作改编。
