西元2199年，来自太阳系外的仇敌加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，起头侵犯其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交兵中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大批含有放射能的游星炸弹。地球的反抗气力越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并奉告地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲落空联系的环境下，地球防卫军行使伊斯坎达尔星球提供的手艺将沉睡于海底的大和号革新为宇宙战舰。大和号全部乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
